Die japanische Prähistorie erstreckt sich von mehreren Zehntausenden von Jahren vor Christi bis zum Jahr 538 nach Christi.

Die Ainu, welche heute hauptsächlich auf der nördlichen Großinsel Hokkaidô leben, werden als direkte Nachkommen der Ureinwohner Japans angesehen. Ihre Herkunft und Einwanderungszeit nach Japan ist noch unbekannt, jedoch reichen einige archäologische Funde bis zum Jahr 20.000 vor Christi zurück. Phänotypisch betrachtet haben die Ainu viele Merkmale der kaukasischen Rasse, so dass eine Theorie davon ausgeht, dass sie ursprünglich aus Zentralasien stammen. Diese Theorie gilt jedoch als nicht stichhaltig gesichert. Heute leben etwa 25.000 Ainu auf Hokkaidô. Sie haben eine eigene traditonelle Kultur, Religion und Sprache.

Die Ainu haben eine Naturreligion, die einige Parallelen zum Shintôismus aufweist. Ebenso wie im Shintôismus gibt es auch in der Naturreligion der Ainu eine Vielzahl von Göttern, die „Kamuy“ genannt werden. Viele Götter repräsentieren Naturgewalten wie Donner, Blitz, Feuer und Wasser. Es gibt jedoch auch Götter der Pflanzen und Tiere, so dass die Ainu-Religion auch oft als eine „animalistische Religion“ bezeichnet wird. Des weiteren existieren Götter, die in Gegenständen hausen oder besondere Orte wie Häuser, Berge, Wälder und Seen beschützen.

Die Prähistorie Japans umfasst die Urkultur der Ainu, die Völkerwanderungen zentralasiatischer Stämme nach Japan, sowie die ersten Machtkämpfe der Stämme um die Vorherrschaft im Land. Mit dem Beginn der Ausbreitung des Buddhismus in Japan endet die prähistorische Zeitrechnung in Japan. Eine unter vielen sinnvollen Unterteilungsmöglichkeiten dieser langen Periode ist die folgende:

Jomon-Zeit: 5000 v.Chr. bis 300 v.Chr.

Heute gehen Historiker davon aus, dass im 5. Jahrtausend vor Christus die ersten ost- und zentralasiatischen Stämme in Japan einwanderten. Diese Zeitangabe ist jedoch mit Vorsicht zu betrachten, da ungewiss ist, ob nicht auch schon zuvor Völkerwanderungen stattfanden. Die Ainu selbst lebten in jener Zeit bereits einige Jahrtausende in Japan. Die Neuankömmlinge stießen immer tiefer nach Japan vor und kamen so in unmittelbaren Kontakt mit den Ainu. Anfangs gab es wahrscheinlich genug Platz für die Ainu und die neuen Siedler, so dass es durchaus wahrscheinlich ist, dass die beiden Bevölkerungsgruppen zunächst eine friedliche Koexistenz eingingen.

Yayoi-Zeit: 300 v.Chr. bis 300 n.Chr.

Etwa 300 Jahre v.Chr. entstand die Yayoi-Kultur in den nördlichen Teilen von Kyûshû. Zu jener Zeit began der Reisanbau in Japan.
Reis zählt auch heute noch zu den wichtigsten Nahrungsmitteln in Japan und war während mancher Krisenzeiten die einzige Nahrungsquelle für die Bevölkerung. Deshalb ist der Beginn des Reisanbaus ein sehr wichtiges Ereignis in der japanischen Geschichte.

In dieser Epoche fanden weitere Einwanderungswellen aus dem asiatischen Festland statt. Der Platz wurde knapp, so dass es zu Auseinandersetzungen zwischen den Ainu und den einrückenden Stämmen gab. Letztendlich wurden die Ainu in den Norden verdrängt.

Doch es gab nicht nur kriegerische Auseinandersetzungen mit den Ainu. Die einwandernden Stämme bekämpften sich auch untereinander und versuchten möglichst viel Einfluss in diesem, für sie neuen Land zu gewinnen. Anfang des 4. Jahrhundert n.Chr. gelang es dem Clan der Yamato, dessen Herrschaftsgebiet südlich der heutigen Stadt Kyôto lag, einen ersten Staatenbund in Japan zu gründen, indem andere Sippen militärisch besiegt wurden. Im gleichen Jahrhundert brachten buddhistische Mönche die chinesische Schrift und Kultur, sowie den Buddhismus über die koreanische Halbinsel nach Japan. Im Jahr 587 n.Chr. überflügelte der Buddhismus in Hinblick auf die Popularität erstmals den Shintôismus.

Die Kofun Zeit: 300 n.Chr. bis 710 n.Chr.

Die Kofun Periode hat ihren Namen von den berühmten Erd- und Steingräbern jener Zeit. Sie umfasst die letzten Jahrhunderte der Prähistorie, die Einführung des Buddhismus und endet mit der Ernennung der ersten festen Hauptstadt des japanischen Kaiserreichs.

Von 538 bis 587 fanden politische und militärische Auseinandersetzungen zwischen den shintôistischen und buddhistischen Lagern der Aristokratie statt. Die Religionsfrage diente hierbei nur als oberflächlicher Anlass, die gegnerischen Lager anzugreifen. Tatsächlich handelte es sich jedoch um Versuche der Adelsfamilien, ihre politische und militärische Stärke auszubauen, möglichst viele Territorien zu erobern und dadurch die eigene Machtposition in Japan zu stärken. Nach jahrzehntelangen Auseinandersetzungen gelang es schließlich den pro-buddhistischen Soga, zweitmächtigster Clan nach den ebenfalls buddhistischen Yamato, über den shintôistischen Kriegerclan der Mononobe zu siegen.

Im Jahre 604 begann Prinz Shotoku mit der Umgestaltung der Gesellschafts- und Regierungsordnung Japans. Er wollte aus der altjapanischen Sippengesellschaft nach chinesischem Vorbild einen monarchischen Vasallenstaat mit Beamtenapparat machen. Hierfür verkündete er eine Verfassung, die aus 17 Artikeln bestand. Da er sich als direkter Nachkomme der Sonnengöttin Amaterasu betrachtete, nahm er den Kaisertitel tennô („Sohn des Himmels“) an. Nun wird deutlich, dass die vorangegangenen Kriege nicht religiöse, sondern politische Motive hatten. Obwohl der Kaiser im Jahre 607 den Buddhismus zur Staatsreligion erklärte und in der Nähe des heutigen Nara auf der Insel Honshu den ersten, (noch heute erhaltenen) buddhistischen Tempel errichten ließ, nahm er den shintôistischen Herrschaftstitel tennô an.
Die Kofun Periode endet im Jahr 710 mit der Ernennung der heutigen Stadt Nara (damals Heijo genannt) zur ersten festen Hauptstadt des japanischen Kaiserreiches.

Epochen der japanischen Geschichte

5000 v.Chr. bis 300 v.Chr.: Jomon-Zeit (縄文時代)
bis 300 n.Chr.: Yayoi-Zeit (弥生時代)
300 n.Chr. bis 710 n.Chr: Kofun-Zeit (古墳時代)
550-710: Asuka-Zeit (飛鳥時代)
710-794: Nara-Zeit (奈良時代)
794-1185: Heian-Zeit (平安時代)
1185-1333: Kamakura-Zeit (鎌倉時代)
1333-1467: Muromachi-Zeit (室町時代)
1467-1603: Azuchi-Momoyama-Zeit (安土桃山時代)
1603-1868: Edo-Zeit (江戸時代)
1868-1912: Meiji-Zeit (明治時代)
1912-1926: Taishô-Zeit (大正時代)
1926-1989: Shôwa-Zeit (昭和時代)
1989-2019: Heisei-Zeit (平成時代)
2019-heute: Reiwa-Zeit (令和時代)